Un comité d’entreprise peut mandater un expert-comptable de son choix, en vue de l’examen des comptes annuels de la société. Le coût de l’expertise est à la charge de l’employeur.

Certains élus hésitent à voter une telle expertise : peur de représailles de la direction, coût de l’expertise jugé trop important, manque de culture économique et financière.

En septembre 2011, le comité d’entreprise de la CPAM de l'Ain avait sollicité le cabinet Secafi pour l'examen des comptes annuels de la caisse, afin de se faire éclairer sur les éléments d'ordre économique et financier.

L'Autorité Nationale de la Comptabilité (ANC) doit annoncer très prochainement les critères de taille à partir desquels les comités d'entreprises devront obligatoirement faire certifier leurs comptes.