Face aux inquiétudes des salariés sur les conséquences de la fusion de la Cité des sciences et du Palais de la découverte (prévue en 2009), le Comité d’Entreprise a engagé une procédure d’alerte telle que prévue par le Code du Travail.

La direction a contesté ce droit d’alerte et a assigné le CE devant le Tribunal de Grande Instance.

Après une attaque de légionelles dans un circuit d'eau de la Cité des sciences en juillet 2008, le CHSCT a voté à l'unanimité le 18 juillet 2008 une expertise des réseaux d'eaux froide et chaude de l'établissement.

Le 10 mars 2009 la Cité des sciences assignait les 8 membres du CHSCT devant le TGI de Paris.