Le syndicat solidaire de l’AFPA affirme que le « boulet » de l’association est sa hiérarchie. De 2003 à 2012, la part des cadres (classes 13 à 17) est passée de 9 à 12 % des effectifs, avec un poids dans la masse salariale qui est passé de 15 à 20 %. « La répartition de la masse salariale à l'AFPA s'est faite depuis dix ans au bénéfice d'une nomenklatura. Pour ne pas supprimer tel emploi de hiérarchique, la hiérarchie a préféré supprimer deux, voire trois emplois de personnel d'appui, de restauration et d'entretien. La hiérarchie a protégé les siens au détriment des conditions de travail, de la santé et du pouvoir d'achat du personnel principal », considère le syndicat qui invite le directeur général à un exercice de « cost-killing » hiérarchique.