Dans son chapitre 5, la loi El Khomri démantèle la possibilité pour les salariés de contacter le médecin du travail facilement et donc de lui signaler ses problèmes comme les nouvelles maladies comme l'épuisement professionnel, le harcèlement, les risques psycho-sociaux, les effets non encore reconnus de certains produits chimiques (nanomatériaux, pesticides, rayonnements etc.).

• Elle supprime le premier contact par la suppression de la visite d'embauche.
• Elle met en place un système de suivi qui sera sous l'emprise des directions patronales pour organiser un contact avec les salariés tous les cinq ans (comme le prévoit le rapport Issindou) et un contact qui ne sera pas toujours réalisé par le médecin. Dans les faits, compte tenu de la situation, cela désorganisera la médecine du  travail et empêchera l'accès aux salariés.
• Elle supprime l’outil juridique permettant au médecin du travail de prescrire des aménagements et des changements de poste.
• Elle supprime de fait la protection des salariés vis-à-vis de leur secret médical puisqu’ils devront négocier directement avec l’employeur leurs conditions de travail sans l’interface administrative de leur fiche d’aptitude.
• Elle ne prévoit pas une direction de la santé au travail qui soit équilibrée entre employeurs et salariés, alors que le Sénat l'avait prévu en 2011.
• Elle fait une aptitude sécuritaire pour la sécurité des tiers du voisinage, ce qui est en contradiction avec l'esprit de protection des salariés de la loi sur la médecine du travail depuis 1946 (conseil d'état n° 279632).
• Elle ne prévoit pas une protection contre le licenciement, analogue à celle des médecins du travail, pour les acteurs de l'équipe pluridisciplinaire, infirmiers, intervenant en conditions de travail (IPRP) et collaborateurs médecins.
• Elle ne prévoit pas une formation en santé au travail pour les infirmiers qui soit diplomante et indépendante du bon vouloir du directeur de service.
• Elle ne prévoit pas de contrôle de l'État des services de santé au travail, l'agrément qui existe actuellement n'a qu'une valeur indicative.
• Elle ne prévoit pas la formation de médecins du travail en nombre suffisant par ses universitaires alors que c'est de la responsabilité de l'État.

Avec la loi El Khomri, les médecins du travail ne pourront plus témoigner sur l'épuisement professionnel, c'est le titre de la pétition qui demande que les médecins du travail conservent une occasion de rencontre systématique  avec tous les salariés à l’embauche et, avec le concours du personnel médical, pour un suivi régulier :

• pour éviter la désignation négative de ceux qui viennent spontanément les voir ;
• pour leur permettre d’avoir un aperçu de l’état et du vécu de tous les salariés ;
• pour leur permettre de se servir de la fiche d’aptitude pour protéger la confidentialité médicale des salariés et pour aménager les postes de travail.